Le prime notizie certe della chiesa risalgono al 1339 ma gli studiosi ritengono che probabilmente furono i Normanni a fondarla nel XII secolo. Inizialmente piccola e di stile gotico,  fu demolita e ricostruita nella seconda metà del '600 con un progetto di don Matteo Gebbia, sacerdote, artista e architetto ericino. Data la condizione particolarmente florida sotto il profilo economico della Congregazione del Purgatorio che gestiva il complesso di San Martino e la Chiesa extra moenia della Madonna delle Grazie, fu oggetto di altri interventi durante il XVIII sec. e nei primi anni del XIX sino ad assumere l'aspetto attuale. Le spese furono sostenute dalla ricca congregazione del Purgatorio che aveva qui la sua sede sin dalla fondazione (1503).
L’edificio insiste su una piccola piazzetta e la domina. Il portale dell’unico ingresso alla chiesa risalta nel prospetto semplice e piatto; in stile barocco, presenta al centro il busto di San Martino e, lateralmente, anime purganti.
Entrando colpisce subito la raffinatezza dei decori rinascimentali e il colore bianco predominante con profili sottolineati dall’eleganza della linea nera ; lo schema è a croce latina, a 3 navate; il pavimento è di produzione trapanese del ‘700. La chiesa presenta parecchie opere dei fratelli Manno, artisti palermitani e dell’ericino Pietro D'Andrea detto Poma. Le loro opere si trovano su tutti gli altari laterali e su quello centrale dove è raffigurato Gesù che libera le anime dal Purgatorio (Vincenzo Manno).
Il titolare della chiesa è presente in una delle cappelle del transetto in un quadro del 1855 realizzato dai fratelli Vaccaro dove San Martino viene effigiato rivestito degli abiti vescovili.
Una delle opere più antiche della chiesa è, invece, a sinistra nel transetto; si tratta di una statua gaginesca della fine del XV secolo e rappresenta la Madonna della luce il cui autore è ignoto.  
Tra il secondo ed il terzo altare della navata destra è da osservare un'edicola lignea con la  Madonna delle Grazie di Fra' Ludovico Zichichi risalente alla fine del '500 e che in un tempo non specificato fu alterata per renderla simile al venerato quadro della  Madonna di Custonaci, patrona principalissima di Erice.  Quest'opera in origine si trovava nella chiesetta di San Luca ubicata all’inizio della strada per Valderice; fu poi trasferita nella chiesa della Madonna delle Grazie fatta costruire dal ricco ericino Pietro Salerno. La Congregazione del Purgatorio ereditò il patrimonio del Salerno e sino ai primi decenni del secolo scorso gestì anche la chiesa delle Grazie. Chiusa questa al culto, il quadro dell’altare maggiore fu custodito proprio qui dove si trova ancora oggi.
L’attività religiosa e devozionale della Congregazione del Purgatorio che, come già detto, aveva la sua sede qui nella chiesa di San Martino era quella di pregare per la salvezza delle anime del Purgatorio. Dalla Sagrestia si accede all'Oratorio dove si riunivano i confrati già dai primi anni del 1500; qui essi pregavano e prendevano decisioni che, spesso, incidevano sulle vicende storico-politiche della città. L'ambiente è ornato di stucchi e affreschi anche questi dei Manno, e conserva ancora i sedili lignei lungo le pareti e la macchinetta d’altare del '600 di stile rococò, policroma e intagliata che era l'altare maggiore della chiesa; fu riutilizzata qui dopo i lavori di sostituzione degli addobbi secenteschi: fu disegnata ed intagliata dal sacerdote Vito Amico, ericino architetto e matematico.
Da qualche tempo sono visitabili altri ambienti dove sono esposte opere lignee provenienti da chiese ormai chiuse o che non esistono più. Certamente il manufatto più vistoso è il San Martino a cavallo che dona il mantello al povero realizzato da uno scultore ericino nel 1556 che dopo il recente restauro è stato sistemato al centro della sagrestia e non più nella piccola nicchia accanto all’ingresso della chiesa dove era meno valorizzato e visibile.
 

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